清光绪三十一年（1905）后，不仅黑界地全部放垦，而且旗地、王府地、召庙地、蒙古户口地也多出租耕种，汉民大量移入，为加强管理汉民事务，将南部界牌地分段划出山西河曲县，陕西府谷县。

民国初年，沿袭清制。民国3年（1914），准格尔旗随伊克昭盟（今鄂尔多斯市）划归绥远特别区管辖。民国17年（1928），改隶绥远省。民国26年（1937）10月，旗辖黄河北岸地区沦陷，划属伪蒙古联盟自治政府（后改蒙疆联合自治政府）。

民国28年（1939）3月，中共伊克昭盟工委派工作团到头道柳等地区开展抗日斗争，并在头道柳、三道柳、敖劳不拉、乌兰不拉等地建立抗日组织。旗境东南部的马栅、长滩属山西河曲县第四区。民国34年（1945）8月，日本投降，原旗辖黄河北岸地区复归准格尔旗管辖。