民国35年（1946），国民党打内战，伊克昭盟党政主要领导干部被捕，中共中央西北局及时派干部接任，领导革命游击军政群组织开展斗争。民国36年（1947）1月17日，伊克昭盟工委与宁夏工委合并改为宁绥工委。2月，分设伊东、伊西两个工委。伊东工委在原城川办事处基础上组建，分管准格尔、札萨克、郡王、达拉特、东胜4旗1县的工作；伊西工委在三段地工委基础上组建，分管鄂托克、乌审、杭锦3旗和沃野设治局、桃力民、陶乐、磴口、石咀山、三盛公及平乐县等地区的工作。同年3月，乌审旗蒙汉自治联合会改称乌审旗政务委员会（设主席）。

民国38年（1949）1月11日，伊克昭盟领导人高增培在《关于伊盟工作的报告》中提出，“在纯蒙人地区蒙人自治，纯汉人地区汉人自治，蒙汉杂居地区蒙汉联合自治，总的说来是蒙汉联合自治政府”。在条件未成熟前，先成立“临时政委会”。3月25日，乌审旗临时自治委员会成立（设主任）。同年7月5日，伊东、伊西两工委在札萨克旗汇合，成立伊克昭盟盟委。8月10日，乌审旗人民政府成立。9月7日，鄂托克旗临时自治政务委员会成立，驻地由三段地迁驻阿拉庙。11月26日，陕甘宁边区伊克昭盟自治政务委员会成立。