清乾隆元年（1736），析鄂尔多斯左翼前旗（乌审旗）和鄂尔多斯左翼中旗（郡王旗）各部分地区，增设鄂尔多斯右翼前末旗（札萨克旗），辖13个佐领，设札萨克掌理旗务，隶属伊克昭盟（今鄂尔多斯市）。此外，跟随成吉思汗陵寝承办祭礼的达尔扈特部，直属鄂尔多斯济农节制。

伊克昭盟分旗时，疆域北至黄河古道（今巴彦淖尔市乌加河），南抵明长城，幅员广阔，水草丰美。清康熙三十六年（1697）至乾隆年间，开始垦放长城北沿界牌地，逐渐向北延伸。清末实行移民实边政策，清朝派遣贻谷大臣督垦放地后，大部成为垦区（在包头设置乌伊盟垦务局）。

为管理移入汉民事务，初由绥远城将军、都统节制，西、南边沿分别由神木、宁夏府理事司员，查旗办理；黄河北侧由萨拉齐理事通判厅管理。后来南边沿地区分别划属山西、陕西边境县，黄河北及南岸部分地区，划属五原、包头、萨拉齐；中部垦区于清光绪三十三年（1907）设置东胜理事通判厅（今东胜区）管理，隶山西归绥道。