中华民国时期，阿鲁科尔沁旗初隶属于热河特别区，后期归热河省。民国15年（1926），设天山设治局，隶于阿鲁科尔沁旗，受热河都统管辖。民国22年（1933），阿鲁科尔沁旗沦陷。同年5月10日，伪满政府撤销天山设治局。民国30年（1941），阿鲁科尔沁旗由热河省划归伪满兴安西省，废除自清代以来的札萨克制，在王子庙坤都成立伪旗公署。民国31年（1942），撤销兴安西省，设兴安总省，阿鲁科尔沁旗归兴安总省。

1945年8月，日本宣布投降。8月16日，阿鲁科尔沁旗解放。10月，东蒙古自治政府在坤都设置阿鲁科尔沁旗人民政府。隶属热河省。1946年5月19日，热北党政军机关由林西迁至林东，建立昭乌达盟（今赤峰市）临时行政委员会，阿鲁科尔沁旗隶属昭乌达盟临时行政委员会。6月。阿鲁科尔沁旗人民政府机关由坤都迁往查布杆庙街（今天山镇）。1947年6月，昭乌达盟临时行政委员会改建昭乌达人民政府，阿鲁科尔沁旗隶属昭乌达人民政府。

1949年5月20日，阿鲁科尔沁旗由热河省划归内蒙古自治政府，隶属昭乌达盟。1955年，阿鲁科尔沁旗人民政府改称为阿鲁科尔沁旗人民委员会。1967年12月31日，成立阿鲁科尔沁旗革命委员会。1969年8月1日，随昭乌达盟划归辽宁省。1979年7月1日，随昭乌达盟划归中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站。