民国元年（1912），巴林右翼旗札萨克府迁回大板（今巴林右旗大板镇），隶属于热河都统监督节制。民国3年（1914）2月，巴林右翼旗属热河特别区昭乌达盟。民国18年（1929）1月，巴林右翼旗属热河省政府领导。

民国22年（1933），日本侵略军侵占热河省，同年，侵占包括巴林右翼旗在内的内蒙古东部地区。伪满洲国以开鲁为所在地建伪兴安西分省，巴林右翼旗属伪兴安西分省。同年7月，伪兴安西分省在大板设工作办事处，将札萨克衙门改为伪巴林右翼旗公署，旗下设区，区下设镇，巴林右翼旗共设5个区，为大板区、大同区、沙巴尔台区、巴彦汉区、德乐区。民国23年（1934）12月，伪兴安西分省改称伪兴安西省，巴林右翼旗属伪兴安西省。

民国28年（1939），改区镇为村屯建制，旗内共建11个村，为大板村、巴彦琥硕村、查干沐沦村、胡勒斯台村、巴彦塔拉村、巴彦汉村、查干诺尔村、他本沟村、翁根村、德乐村、乌兰套海村，下辖79个屯。此建制随着日伪政权垮台而废止。

“八·一五”光复后，1945年9月，巴林右翼旗成立以赵化民为首的维持会，维持地方秩序。1946年初，东蒙自治政府派员到巴林右翼旗，旗政府成立。

1946年3月成立昭乌达省时，巴林右翼旗属昭乌达省。1946年“四三”会议以后，热北专署迁往林东。5月，成立内蒙古自治运动联合会昭乌达盟分会。6月5日，热河省政府对热北地区的行政机构进行调整，撤销热北专署，成立昭乌达盟临时行政委员会，巴林右翼旗建旗支会。巴林右翼旗与克什克腾旗、巴林左翼旗、阿鲁科尔沁旗、扎鲁特旗、经棚县、林西县、开鲁县属昭盟临时行政委员会辖。

1947年5月1日内蒙古自治政府成立，昭乌达盟临时行政委员会改建为昭乌达盟人民政府，巴林右翼旗建立旗人民政府，旗下建5个努图克、2个区，102个嘎查、村，归热河省昭乌达盟人民政府辖。