民国元年（1912），民国政府沿袭清制，旗域仍为巴林左翼旗建置，先后隶属民国政府蒙藏事务处、蒙藏事务局、蒙藏院、国民政府蒙藏委员会。民国14年（1925），民国政府在巴林左翼旗设置林东设治局（准县级行政区划建置），实行蒙汉分治，与巴林左翼旗并存，管理巴林左翼旗、巴林右翼旗放垦地区，隶属热河特别区（1914年设立）。民国21年（1932），国民政府将林东设治局改为林东县，隶属热河省（1928年热河特别区改置热河省）。

民国22年（1933），日军侵占巴林左翼旗，废除蒙古旗札萨克制度，撤销林东县，承袭中华民国前期建置，在巴林左翼旗设伪巴林左翼旗公署，先后隶属伪满兴安西分省（1933年设置）、伪满兴安西省（1934年改隶）、伪满兴安总省（1943年改隶）。

民国34年（1945）8月10日，日军从巴林左翼旗败逃。12月1日，和子章组建巴林左翼旗自治政府，隶属东蒙自治政府（1946年1月正式成立）。民国35年（1946）3月，昭乌达省政府在林东成立（隶属东蒙自治政府），巴林左翼旗自治政府隶属昭乌达省。5月19日，中共热北专区机关从林西县迁驻林东。6月1日，林东行政委员会（县级行政区划单位）成立。6月5日，昭乌达省与热北专区同时撤销，在林东成立昭乌达盟临时行政委员会（隶属中共所属热河省），巴林左翼旗自治政府改组为巴林左翼旗政府，与林东行政委员会并存，蒙汉分治，隶属热河省昭乌达盟。民国36年（1947）11月，林东行政委员会并入巴林左翼旗。