1999年，克什克腾旗辖5个镇，4个苏木，19个乡，13个国有林、牧、渔场。

2002年，全旗辖9个镇，3个苏木，6个乡，2个开发区，163个嘎查村。

2003年，全旗辖9个镇，3个苏木，8个乡，2个开发区，125个嘎查村。

2005年，全旗辖7个镇，2个苏木，2个乡，2个开发区，136个嘎查（村、居委会）。

2006年，全旗辖11个苏木乡镇，2个开发区，2个街道办事处，134个嘎查（村、居委会）。

2012年，全旗辖16个苏木乡镇（旅游开发区、街道办事处），135个行政村（嘎查、居委会）。

2016年，全旗辖16个苏木乡镇（街道管理办公室），141个行政村（嘎查、居委会）。

截至2019年，全旗辖13个苏木乡镇，3个街道管理办公室；管理124个村嘎查（40个嘎查），21个居委会。