元朝时，今磴口县东南部（巴彦高勒镇周围）属宁夏府路；西部和西北大部属兀剌海路管辖，均隶甘肃行省。明初属宁夏卫，明万历十年（1582），今县境属“袄尔都司”。清康熙二十五年（1686），今县境属阿拉善和硕特蒙古牧地（俗称王爷地）。清康熙三十六年（1697），编入阿拉善和硕特旗辖地。

民国初年，沿袭清制。民国15年（1926），冯玉祥在五原誓师北伐，为便于军需供给，以原设“磴口兵站”为基础，始设磴口县治，隶属甘肃省宁夏道管辖。民国18年（1929）1月，国民政府批准正式设置磴口县，划归宁夏回族自治区管辖。民国25年（1936）4月，经蒙藏委员会决定，磴口县的土地管理权属阿拉善旗，行政管理归宁夏回族自治区。