明正统十四年（1449），今乌拉特后旗境狼山以南属山西行都司东胜卫地；北部地属蒙古政权统辖区。明末，乌拉特部在阴山、狼山、乌拉山南北驻牧。清顺治五年（1648），清朝编乌拉特部为乌拉特前、中、后三旗，隶属乌兰察布盟（今乌兰察布市）。清朝册封巴克巴海为辅国公，授札萨克职，世袭掌理乌拉特后旗旗务。原乌拉特后旗境“在阴山后，当前旗之东北方”（今为乌拉特中旗东部地）。

民国3年（1914），今旗境随乌兰察布盟隶属绥远特别区。民国18年（1929），隶属绥远省。民国37年（1948），绥远省地政局制《绥远省全图》中，乌拉特东公旗治所在乌拉特后旗贝勒府，其区域在今乌拉特中旗境内的东部、乌拉特前旗的东北；今乌拉特后旗境属当时乌拉特中旗的西部地。