杭锦后旗地区，战国时为高阙山南九原县西部地，秦朝时属九原郡临河县（治所今临河县境内）西部地，西汉时分属于朔方郡的临河县（治所今临河县境内）和沃野县（治所今临河区黄羊木头镇脑高古城址）辖地，东汉时属朔方郡沃野县辖地，东汉末年为匈奴政权统辖地。三国魏景元三年至西晋太康二年（262—281），今旗境属羌族政权统辖地。东晋十六国时期，今旗境先后为后赵、前秦、后秦及夏等政权统辖之地。南北朝时期，今旗境为北魏沃野镇辖境；北周为永丰镇（今临河区境）统辖地区。隋朝初属丰州，隋大业元年（605），属五原郡永丰县（治所今临河县境）。