清崇德元年（1636）四月十一日，清朝编归化城土默特部为土默特左、右两翼旗。

土默特右翼旗区域“包括今之呼和浩特市以西地区、土默特左旗、托克托、萨拉齐直至包头市西门之五里鄂博。”

今旗境是当时“土默特右翼旗的五六甲朗地”（编旗时，将土默特部的十二土默特编为十二甲朗，简称十二甲，每一甲朗设一参领，每一参领管五个苏木；当时土默特右翼旗有六个甲、三十个苏木；今之土默特右旗区域是当时的五、六甲，十个苏木）。

土默特右翼旗都统杭皋，都统府驻归化城。

清雍正十二年（1734），置萨拉齐协理笔贴式。

清乾隆四年（1739），设置萨拉齐协理通判。乾隆六年（1741），萨拉齐协理通判和善岱协理笔贴式，隶属山西总理旗民蒙古事务分巡归绥道管辖。乾隆二十五年（1760），裁善岱协理通判并入萨拉齐，设萨拉齐理事通判厅。其时西领五原一带，北领乌拉特东公、茂明安一带，东至杭盖（今土默特左旗铁帽乡）一带，南至黄河。乾隆二十八年（1763），停袭土默特右翼旗都统，由新设的土默特副都统管辖土默特右翼旗事务。