清代实行蒙汉分治、旗县并存制度。今青山区境等地的蒙古族居民属旗管，汉人属厅管。

后金天聪六年（1632），皇太极亲征察哈尔，进驻归化城；又西驰700里，到木纳山（今乌拉山），土默特部悉降。

清崇德元年（1636），土默特部编为二旗。今青山区境属土默特右翼旗。

清顺治五年（1648），清朝编定乌拉特三公旗，辖地为：自阴山西段以北以及狼山、乌拉山前后。今青山区境归乌拉特三公旗管辖。清乾隆四年（1739），设萨拉齐协理通判，后又相继改为理事通判厅、抚民同知厅。今青山区境汉民属其管辖。清光绪二十九年（1903），设置五原抚民理事厅（寄治包头镇）。今青山区境汉人归五原厅管辖。