民国12年（1923），包头镇改设包头设置局，隶属绥远特别行政区。今昆都仑区所辖地域隶属绥远特别行政区包头设置局管辖。民国15年（1926）1月，包头设置局改为包头县公署，隶属绥远特别行政区。今昆都仑区所辖地域隶属绥远特别行政区包头县管辖。

民国26年（1937）10月17日，日军两个机械化联队，带有400余辆卡车、坦克及机械辎重车辆侵占包头。今昆都仑区所辖地域亦被日军侵占。民国27年（1938）11月，伪蒙古联盟自治政府决定撤销包头县建制，改设包头特别市（后又改为包头市）。今昆都仑区所辖地域归其所属。

民国34年（1945）8月，日本侵略军投降后，绥远省政府迁回归绥市，决定撤销伪政权所设的地方行政建制，恢复抗日战争前绥远省的地方行政建制。包头市恢复包头县原名，但仍保留包头市建制。今昆都仑区所辖地域属绥远省包头县管辖。