清乾隆二年（1737），包头村形成。今昆都仑区属包头村一部分。清乾隆四年（1739），置萨拉齐和善岱二协理通判，今昆都仑区属萨拉齐协理通判管辖。清乾隆六年（1741），清朝置归绥道，萨拉齐厅隶属归绥道。清乾隆二十五年（1760），萨拉齐协理通判改为理事通判，后又次第改为理事同知厅、抚民同知厅。今昆都仑区所辖地域归其管理。清乾隆二十八年（1763），绥远城将军兼司土默特蒙古事务，裁归化城土默特都统。由此，实行旗厅并存、蒙汉分治制度。今昆都仑区境内土默特右旗分管蒙古族事务，萨拉齐厅分管汉、回等民族事务。清嘉庆十四年（1809），清朝裁善岱巡检移设包头，包头村改置包头镇，设置巡检，今昆都仑区所辖地域归其管理。清光绪二十九年（1903），清朝设五原厅。清光绪三十二年（1906），清朝设东胜厅，今昆都仑区所辖地域均归其管理。