清嘉庆十四年（1809）春，清朝裁善岱巡检官，移设包头，改包头村为包头镇，设把总一员镇守包头，隶属萨拉齐厅。清光绪十年（1884），萨拉齐理事同知改为抚民同知。清同治九年（1870），包头始筑土城垣，于同治十二年（1873）竣工，城周17里，辟东、南、西、东北、西北5座城门。由于地处要道，兼有黄河水运之利，东西客商纷沓而来，形成“塞外通衢”“水旱码头”。

民国元年（1912）4月，中华民国政府沿袭清制，设绥远将军，监督节制归化城、托克托、萨拉齐等12抚民厅和乌兰察布盟（今乌兰察布市）6旗（四子贝勒、达尔罕贝勒、茂名安、西公、中公、东公旗）、伊克昭盟（今鄂尔多斯市）7旗及归化城土默特两翼。其中，12抚民厅仍由山西省归绥道行使行政管辖权。此时包头镇属萨拉齐厅所辖。5月，中华民国政府改归绥道为归绥观察使，所属12抚民厅一律改为县，包头仍属改厅为县的萨拉齐县管辖。