后金天聪七年（1633）二月，茂明安部归附后金；随皇太极八旗军征林丹汗。自呼伦贝尔迁徙到大青山以北地区，被编置为茂名安札萨克旗（一等台吉），设16个佐。清崇德元年（1636）后，今包头地域为归化城土默特左右翼部分牛录（佐）游牧地。

清顺治五年（1648），将西拉木伦河西的乌拉特部迁往母纳山（乌拉山），编为西、中、东三公旗（今巴彦淖尔市乌拉特前、中、后三旗）。清顺治六年（1649），编设鄂尔多斯左翼前旗（今鄂尔多斯市准格尔旗），该旗牧民也不时游牧于此。清顺治十年（1653），被编为喀尔喀右翼旗札萨克旗（贝勒），设1个佐，成为清代外藩蒙古中的内札萨克蒙四十九旗之一（喀尔喀右翼旗札萨克旗在民国时期称达尔罕旗）。今包头市部分地域为该旗游牧地。

清雍正元年（1723），清朝在归化城设理事同知，加强对从关内流入草原跑青、游商、牧耕和民族事务管理。清雍正十三年（1735），雍正皇帝下诏，令府、州、县官“劝谕百姓开垦地亩，不使膏腴荒弃”。同年六月，归化城土默特都统丹津请示清政府，把归化城土默特两翼牧地内八处较肥沃土地作为大官粮地，饬交地方征粮，以备军用。善岱地方八处4万余顷土地被开垦。此后，大量山陕冀甘流民蜂拥而至，以山西为最多；春来、秋收、冬回原籍，来年再来，周而复始地“跑青”。

清乾隆时期（1736—1795），山西游商开始成为坐商，商人或跑青流民开始在今包头东河定居。清乾隆元年（1736），增设归化城协理通判二厅（据《山西通志》载：一驻城，一驻昆都仑）。