清康熙、雍正年间，额鲁特（亦有记载“厄鲁特”）蒙古土尔扈特部逐步移驻今额济纳旗境。清康熙四十三年（1704），土尔扈特部首领阿拉布珠尔在北京觐见康熙皇帝时，被封爵为固山贝子，赐嘉峪关外党河、色尔腾湖、阿尔金山以东区域为其牧地。清康熙五十五年（1716），阿拉布珠尔之子丹宗继位后，请求内徙。清雍正九年（1731），经陕西总督查郎阿批准，遂赐额济纳河中下游一带为土尔扈特部驻牧地。清乾隆十八年（1753），清朝编成额济纳土尔扈特旗（额济纳地域与土尔扈特结合为旗的称谓），授罗卜藏达尔扎札萨克职，掌理旗务，直属理藩院，由陕甘总督节制。

民国2年（1913）2月，中华民国政府将额济纳土尔扈特旗仍列为特别旗，直属中华民国政府蒙藏事务局，并受甘肃宁夏护军使节制。民国3年（1914）8月1日，中华民国政府决定，额济纳土尔扈特旗归甘肃省宁夏道管辖。民国17年（1928），建立宁夏回族自治区后，额济纳土尔扈特旗归宁夏回族自治区管理。后改由国民政府蒙藏委员会管辖。