1955年11月，经国务院批准，将甘肃省蒙古自治州更名为甘肃省巴彦浩特蒙古自治州（地级，设州长），驻巴彦浩特，阿拉善旗归其管辖。1956年4月3日，经国务院批准，将甘肃省巴彦浩特蒙古自治州划归中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站管辖。同时，撤销巴彦浩特蒙古自治州建制，阿拉善旗人民委员会归属新设置的巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）人民委员会领导。同时，将巴彦浩特改建为巴彦浩特市（县级），为巴彦淖尔盟驻地。1958年9月5日，经国务院批准，撤销巴彦浩特市，其区域并入阿拉善旗。

1961年4月22日，经国务院批准，撤销阿拉善旗建制，设立阿拉善左旗和阿拉善右旗，将阿拉善旗区域分别划归阿拉善左旗、阿拉善右旗、巴彦浩特镇和乌达镇。阿拉善左、右旗和乌达镇隶属巴彦淖尔盟。同年5月31日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站人民委员会通知，阿拉善左旗驻巴彦浩特镇，辖原阿拉善旗东部嘉尔格拉赛汗等11个人民公社（后经过调整人民公社范围，改建为23个人民公社）。