民国35年（1946）7月，国民党政府国防部派驻阿拉善霍硕特旗军事专员办事处。民国36年（1947）4月，国民党政府蒙藏委员会训令，阿拉善霍硕特旗仍直属党中央，就近接受西北行辕督导；军事方面由军事委员会驻旗军事专员协助办理，同时受西北行辕的节制。

民国38年（1949）2月，曾任伪蒙疆联合自治政府主席的德穆楚克栋鲁普与阿拉善霍硕特旗札萨克在兰州出席国民党西北军政委员会会议时，请求马步芳、马鸿逵协助他们成立“蒙古自治政府”。4月13日，德穆楚克栋鲁普和达理札雅在定远营成立“蒙古自治筹备委员会”。会后，他们乘飞机抵广州向国民党政府请愿，要求正式承认。而后，他们回到定远营，经过策划，拟定在7月10日，在定远营召开“蒙古人民代表大会”，拟成立“蒙古自治政府”并电请国民党中央和蒙藏委员会派员参加。8月5日，只在一部分盟旗派人参加的情况下召开“蒙古人民代表大会”。会上推选德穆楚克栋鲁普为“蒙古自治政府”主席，达理札雅为副主席，吴鹤龄为参议长。8月10日，“蒙古自治政府”正式宣告成立。同年9月19日，绥远省和平起义后，9月20日，坚持反人民立场的德穆楚克栋鲁普将“蒙古自治政府”迁往阿拉善霍硕特旗西北的沙漠草地；达理札雅等将“蒙古自治政府”更名“西蒙自治政府”。在中国人民解放军解放西北大片土地的形势下，9月23日，阿拉善霍硕特旗札萨克达理札雅向毛泽东主席通电脱离国民党政府，宣布起义。“蒙古自治政府”自此瓦解。