民国2年（1913）2月，中华民国政府沿袭清制，阿拉善霍硕特旗为特别旗，直属中华民国政府蒙藏事务局（后改为蒙藏委员会），同时受甘肃省宁夏护军使节制。民国3年（1914）8月1日，中华民国政府决定，阿拉善霍硕特旗归甘肃省宁夏道管辖。民国17年（1928）4—11月，在国民军冯玉祥部的支持下，德钦一心诺组织武装暴动，推翻阿拉善霍硕特札萨克王公政权，成立旗政务委员会（历史上称为“小三爷事变”）。这个旗政务委员会仅存7个月。民国20年（1931）12月13日，国民政府任命达理札雅为阿拉善霍硕特旗札萨克。民国26年（1937）1月22日，经国民政府军事委员会批准，废除“阿拉善霍硕特印房”，改发“阿拉善霍硕特旗印”。同年3月6日，成立阿拉善霍硕特旗政府。并在边界纠纷较多的磴口、四坝、宗别立、奴尔盖设置总管公署，受旗政府领导。民国28年（1939），宁夏回族自治区主席马鸿逵以抗战名义，在阿拉善霍硕特旗驻地定远营（今巴彦浩特镇）设置宁夏驻定远营办事处。民国31年（1942）4月，国民政府蒙藏委员会在阿拉善霍硕特旗政府派常驻协赞专员。