1961年4月22日，经国务院批准，撤销阿拉善旗建制，设置阿拉善左旗、阿拉善右旗。并将原阿拉善旗的区域分别划归阿拉善左旗、阿拉善右旗、巴彦高勒市和乌达镇。同年7月9日，乌达镇改设乌达市（县级），行政区域不变。1965年2月8日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站人民委员会主席乌兰夫主持召开中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）同甘肃省武威、张掖、酒泉专区有关旗县行政界线问题会议。双方本着互谅、互让、解决问题的共同愿望，经过协商，就阿拉善左旗、阿拉善右旗、额济纳旗与同古浪、武威、民勤、永昌、临泽、肃北各县之间争议地区的行政区域界线达成协议。

1967年11月，巴彦淖尔盟革命委员会成立，各旗县市也相继成立革命委员会。1969年7月5日，中共中央、国务院决定，将阿拉善左旗划归宁夏回族自治区，阿拉善右旗、额济纳旗划归甘肃省管辖。1975年8月30日，经国务院批准，撤销乌达市，其区域并入乌海市（地级），直隶中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站。1979年5月30日，中共中央、国务院决定，恢复中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站1969年7月以前的行政区划，阿拉善左旗、阿拉善右旗和额济纳旗划回中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站。同年12月12日，经国务院批准，设立阿拉善盟。1980年4月1日，阿拉善盟行政公署经过一段时间的筹备工作对外办公。1980年5月1日，阿拉善盟行政公署（盟长）成立，盟机关驻巴彦浩特镇，辖阿拉善左旗、阿拉善右旗、额济纳旗。