1954年4月，宁夏回族自治区蒙古自治区人民代表大会选举产生宁夏回族自治区蒙古自治区主席等组成人员（地级）。辖阿拉善旗、磴口县。原阿拉善自治区人民政府改称阿拉善旗人民政府。1954年6月19日，党中央人民政府委员会决定，撤销宁夏回族自治区建制后，将宁夏蒙古自治区划归甘肃省，更名为甘肃省回族自治区人民政府；同时将额济纳内蒙古自治区人民政府划归甘肃省管辖。1955年3月，按照《中华人民共和国宪法》规定，将甘肃省蒙古自治区更名甘肃省自治州人民委员会（地级），设州长，辖阿拉善旗、磴口县。同年3月，额济纳中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站改建为额济纳自治旗，旗人民政府改为旗人民委员会（设旗长）。同年11月，经国务院批准，将甘肃省蒙古族自治州改称甘肃省巴音浩特蒙古族自治州。12月，巴音浩特蒙古族自治州人民代表大会通过关于自治州与额济纳旗合并划归中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站的议案。