民国2年（1913）2月，中华民国政府沿袭清制。阿拉善霍硕特和额济纳土尔扈特两旗各为独立旗（亦称特别旗），直属蒙藏事务局管辖，并受甘肃省宁夏护军使节制。民国3年（1914）8月1日，中华民国政府决定，阿拉善霍硕特、额济纳土尔扈特两旗，行政关系上归甘肃省宁夏道，军事防务仍由宁夏护军使节制（民国10年7月1日，改为宁夏镇守使）。民国17年（1928）10月，建立宁夏回族自治区后，将阿拉善霍硕特、额济纳土尔扈特两旗划归宁夏回族自治区节制。两个旗的行政直隶于国民政府蒙藏委员会。民国26年（1937）1月，国民政府军事委员会批准，废除“阿拉善霍硕特印”，改用“阿拉善霍硕特旗印”。同年3月，成立阿拉善霍硕特旗政府。民国35年（1946）7月，国民党政府国防部在阿拉善霍硕特旗派驻军事专员办事处。1949年8月10日，在国民党政府支持下，原伪蒙疆自治政府主席德穆楚克栋鲁普等人成立“蒙古自治政府”（亦称“西蒙自治政府”）。1949年9月23日，阿拉善霍硕特旗札萨克宣告和平起义，“蒙古自治政府”彻底破产。