五代十国时期，今阿拉善盟境属河西回鹘统辖，境内有合罗川（回鹘牙帐，在今额济纳旗吉日嘎朗图苏木哈日浩特古城址）。北宋政和元年、西夏贞观十一年（1111）时，今阿拉善盟境属西夏（党项李氏）政权统辖。在东部阿拉善区域设置白马强镇军司，治娄博贝（今阿拉善左旗吉兰泰盐池一带）；在西部额济纳地区设置黑水镇燕军司，治所黑城（今额济纳旗吉日嘎朗图苏木哈日浩特古城址）。也有记载“黑山威福军司”，治在黑城，而“黑水镇燕军司”治在黑水（今木仁高勒河）西。元朝，今阿拉善左、右两旗大部属兀剌海路，治所兀剌海城（今乌拉特中旗境内），阿拉善左旗东部黄河西岸的少部分地区（如巴彦木仁镇老磴口等）属宁夏府路；在额济纳地区置亦集乃路，并设“亦集乃路总管”，治所亦集乃城（在今额济纳旗吉日嘎郎图苏木哈日浩特原西夏黑城），隶属甘肃行省。有记载元朝的黑水城是“北走岭北、西抵新疆、南通河西、东往银川”的交通要冲。