海拉尔航空口岸位于海拉尔东山机场，距市区5公里。1953年3月正式开通并成立了中苏航空股份公司海拉尔航空站，航线为赤塔——海拉尔——平壤。1955年苏方将股份移交中方，由中方单独经营。1959年该航线取消，口岸随之关闭。1988年，呼伦贝尔市试验区建设后，恢复海拉尔航空口岸。1993年7月6日，国务院以国函［1993］97号文件批复同意海拉尔航空口岸对外开放。1995年9月15日，国家口岸办以国口办字（1995）34号文件同意海拉尔航空口岸正式对外开放。经过多年的建设，机场口岸基础设施已日趋完善。海拉尔机场已经成为内蒙古东部地区规模最大、功能最完善、业务最繁忙的机场。投资8100万元、面积7566平米的机场新航站楼已于2006年7月建设完成并投入使用，260平米的国际候机楼区改造、新机场跑道建设将于年内完成，届时机场基础设施条件将达到国内同类机场的一流水平。现已开通了海拉尔至北京、呼和浩特、俄罗斯赤塔的正式航线，并开通了海拉尔至广州、深圳、哈尔滨、沈阳、大连、齐齐哈尔等多条季节性旅游航线。旅游旺季每天起降航班达20多架次，年进出港旅客达15万人次。近期拟开通至韩国、日本的航线。
　　海拉尔边检站、海拉尔海关、呼伦贝尔出入境检验检疫局负责海拉尔航空口岸的检查检验工作，为人员和货物出入境提供优质高效服务。