清康熙三十五年（1696）夏季，清康熙皇帝率领三路大军亲征噶尔丹。这次清康熙亲征，大败噶尔丹，血屠准噶尔部。清康熙凯旋归师时，途经归化城，应二世乃吉托音之请，在小召驻跸3日，举行大祭。清康熙将全副盔甲、战袍、锦靴、弓箭、腰刀、马鞍等随身之物赐给小召作纪念，并赖准建造“青色琉璃瓦石碑”，以满汉蒙藏4种文字刻碑，立于大殿前。

从此，小召地位迅速上升，在归化城寺庙中，其地位已凌驾于大召之上，小召喇嘛受到特别优待。小召喇嘛受封清政府钱粮，准许他们独用蒙古文诵经，并且清康熙皇帝特别批准内蒙古东部科尔沁部10旗作为乃吉托音呼图克图的化缘之地。乃吉托音二世赴科尔沁一次布施收入白银5万两，驼牛3000头，貂裘、金珠等收入不计其数。小召财力、物力充裕，乃吉托音二世对大召和小召进行大规模修葺和扩建，建立几座小召属庙。这个时期是小召在政治地位和经济实力方面的鼎盛时期。

小召原来是规模较小的寺庙。清康熙三十五年（1696）开始，乃吉托音二世对小召进行大规模维修和扩建，并呈请清康熙皇帝赐名“崇福寺”，发给满汉蒙藏四体文寺额。扩建后的小召规模，据《乃吉托音二世传》记载：主庙十二丈方，为上下两层楼，外壁彩漆精画，十分美景。内有三世佛、长寿佛、八大菩萨、执金刚栩栩如生；主庙南面建起一座能容纳1000名僧众的双层大殿，主庙西南与大殿并排建起一座释迦牟尼佛寺；其两侧建起二十一度母寺，东南方为三大伊达木（护法金刚）佛寺，其两侧为罗刹殿及四大天王殿。主庙的后面是一座14丈方的迈达理佛殿，其两侧是德高望重的弟子额尔德尼·毕力贡达赖建起的精巧的释迦牟尼殿。对应的是他的高足弟子莫尔根迪彦齐建造的一座雷同的三大长寿佛殿。

小召所属寺庙有慈灯寺（五塔寺）、荟安寺（岱海召）、善缘寺（登奴素召）。

小召这种显赫的地位，维持时间并不很长。从乃吉托音二世逝世后逐渐步入下坡路。从清雍正年间开始，归化城召庙的权利逐渐转移到席勒图召。

《圣祖御制崇福寺碑》碑文

朕惟归化城为古丰州地，山环水互，夙称胜境。城南旧有佛刹，喇嘛托音葺而新之，奏请寺额，因赐名：崇福寺。丙子，冬，朕以征厄鲁特噶尔丹，师次归化城。于寺前驻跸，见其殿宇弘丽，法相庄严，命悬设宝幡，并以朕所御甲胄、弓矢、橐鞬留之寺中。

夫朕之亲有事于塞外，非无故也。往者，厄鲁特与喀尔喀交恶相攻。朕悯念生民涂炭，遣使谕解，而嚆尔丹追击喀尔喀，竟入掠我乌朱穆秦。爰命和硕裕亲王声讨，大败贼于乌兰布通。时，噶尔丹盟誓佛前，永不入犯，乃班师而还。后，噶尔丹蔑弃誓言，复掠纳木查尔拖音于克鲁伦之地。丙子，春，朕亲总六师，由中路进剿，至克鲁伦河，贼众望见军容，宵遁；适朕所期会西路官兵，遇于昭莫多，大败之，俘斩无算；丹木把、哈什哈等率众来归，噶尔丹跳身走。是冬，朕复驻师鄂尔多斯，剿抚并用，厄鲁特人众络绎归命，噶尔丹仍未向顺。丁丑，率师驻狼居胥山麓，官兵分道并进，噶尔丹计穷自毙，子女就获，余党悉平。

方今中外恬熙，边境生灵，咸得宴然安堵。喇嘛托音请建碑，垂示永久，因书此勒石，俾后之览者，知朕不惮寒署，三临绝塞，为民除残之意。时，清康熙四十二年，岁次癸未，月。(此碑文现存内蒙古博物院）