阿善新石器时代遗址位于郊区古城湾乡阿善沟门村大青山东脑包梁、西脑包台地上。1980年、1981年两次考古发掘，发现其含有3个不同时期文化遗址。阿善第一期文化遗存，仅发现黑色宽带纹钵等陶器，属白泥窑子文化，年代距今约6000年。第二期文化遗存比较丰富，房子为正方形或长方形半地穴式，室内中心有圆形灶炕，居住面大都经过烧烤，南墙设门。石器经过打磨，有穿孔的石刀，长方形磨盘和半月形磨棒，石铲，箭簇，用骨角加工的铲、锥、矛等；陶器有钵、瓮、罐等。阿善二期文化遗存属海生不浪文化阿善类型，年代距今5300—5700年。第三期文化遗存发现直接从地面筑起的房子，出土的大型磨制石斧，双孔石刀，骨制鱼钩，陶制网坠，在制作上有很大进步，陶器种类增多，重要发现有总长980米，存高20厘米～40厘米石筑围墙（有一段石墙高达1.7米），石筑祭坛遗址。阿善第三期文化遗存属阿善文化，年代距今4500—4700年。

阿善一、二、三期文化的先民都过着定居的农耕生活，并有家畜饲养和渔猎、采集业。属阿善二、三期文化遗存遗址发现有10余处，大都分布在大青山西部南麓台地上，有东河区转龙藏北遗址，文化堆积1米左右；位于郊区沙尔沁乡西园村后大青山坡两处台地上的西园遗址，房址紧相毗连且有迭压关系，构成完整原始村落格局；位于郊区东园乡莎木佳村北200米莎木佳沟东西两侧台地上的莎木佳遗址，留有石块砌筑的地面围墙，遗址中心存有一座“大房子”，遗址西南有一道南北岗梁，一字排列3座土丘，土丘基部或腰部各绕砌1～2个方形石圈，顶部堆放一些石块，这是“祭坛”遗迹；位于东园乡黑麻板遗址，发现石砌房屋基址，一座大型建筑物台基，一处祭坛遗址；位于土默特右旗沟门乡纳太村北的纳太遗址，含新石器时代、青铜时代两种文化遗存；位于沟门乡沙兵崖村山前沙兵崖东遗址，文化层堆积最厚处有1.5米；其他尚有郊区二道沙河两岸韩庆坝遗址，郊区后营子乡前湾遗址，郊区古城湾乡古城湾村宿亥沟遗址，沙尔沁乡阿都赖遗址，土默特右旗沟门乡威俊遗址、沙兵崖北遗址，美岱召西遗址，沟门乡马留村北遗址和西遗址，后湾遗址等。