民国36年（1947）10月至翌年2月，白庆元到山西省五寨公安处学习，同二分区警卫连一起，开展“三查”整军，搞土地改革，成立准格尔旗蒙汉游击队，韩明玉任队长，白庆元任政治主任。起初，蒙汉游击队共13人，9支步枪，分区决定把偏关县万家寨和关河口两个基干民兵排，40余人，30余支步枪，两个掷弹筒，全部调过来归蒙汉游击队指挥。这支游击队以马栅为依托，开辟准格尔旗根据地。

民国37年（1948）5月，准格尔旗人民政府正式成立，白庆元起初担任黑岱沟区委书记，不久接任民政科长，仍然领导准格尔旗的蒙汉游击队，随后到城坡、十二连城一带剿匪肃特和民主建政。翌年春，他调任准格尔旗人民政府武装科科长，继续剿匪肃特，搜缴枪支，建立各级人民政府，维持社会治安。12月，准格尔旗工委派出以白庆元、李文英为正副队长的工作组，赴准格尔旗河套地区党三窑子接收准格尔旗王府，于1950年3月建起准格尔旗一区区政府，白庆元任区委书记。