阿勒坦汗是蒙汉友好的开创者。他祖父达延汗时期，蒙古各部落同明朝在北边关系紧张，贡市早已中断，烽火连年不息，给蒙汉人民造成深重的灾难。阿勒坦汗崛起后，顺应蒙汉人民和睦相处，促进经济、文化交流与发展的要求，从明嘉靖十年（1531）到嘉靖二十九年（1550）期间，曾连续派使者入明，要求互市。表示“令边民垦田塞中，夷众牧马塞外，永不相犯”。但均遭拒绝，并诛戮使者，甚至悬赏格“擒斩俺答，赏银千两”。于是激怒阿勒坦汗，于明嘉靖二十九年（1550）大举入边，以精锐的铁骑，攻古北口，围顺义，长驱直入，逼通州，掠密云、昌平，转而进攻京师。腐朽的明军不堪一击，蒙古骑兵径至安定门以北教场口。阿勒坦汗又“求入贡”。后扰昌平诸陵寝，转掠西山、良乡。这就是历史上著名的“庚戌之变”。在这种情况下，1551年3月，明朝勉强答应与阿勒坦汗通马市。阿勒坦汗不满足，又投译书于宣大总督苏佑，求贡市。4月，明朝开大同镇羌堡、宣府新开口和延宁马市。阿勒坦汗亲至马市，向明朝廷献“九白之贡”，以示诚意。互市时，嘱咐诸部首领“毋饮酒失事”，挑选“身腰长大”“毛齿相应”的好马入市。但后来因明朝罢沿边马市和拒辽东开市，又引起双方战火。明隆庆四年（1570），阿勒坦汗爱孙把汉那吉因婚配问题投奔明总督王崇古，明朝廷接受阁臣张居正等的建议，优待把汉那吉。阿勒坦汗初担心其孙遭不测，曾拥兵十万压境，后得知把汉那吉安然无恙，在三娘子规劝下，阿勒坦汗愿“啮臂誓，世服属无贰”。双方这才贡市不绝。

明隆庆五年（1571）3月，明朝封阿勒坦汗为顺义王。封各部首领为都督、同知等官。阿勒坦汗上谢表，进贡马509匹，镀金鞦辔、马鞍各一副。明朝接受大臣建议，相继在大同、宣府、延绥、宁夏、甘肃等地开马市11处。同时，又开便于蒙汉人民自由贸易的月市或小市。从而“东自海谷，西尽甘州，延袤五千里，无烽火警”。

阿勒坦汗为维护蒙汉友好关系，使贡市不受干扰破坏，采取不少有力措施，禁戢部落，惩罚破坏者。

阿勒坦汗原来信仰萨满教。明隆庆五年（1571），西藏的阿兴喇嘛来到土默特，向以阿勒坦汗为首的土默特贵族、官员介绍黄教的教义、教规，并劝阿勒坦汗邀请西藏活佛索南嘉措来土默特传教。阿勒坦汗从此皈依佛教，明朝廷应阿勒坦汗请求，颁给他金字番经及遣喇嘛番僧传习经咒。阿拉坦汗后派遣使者前往甘丹寺礼请索南嘉措，索南嘉措约阿勒坦汗在青海相见，为此在青海的察卜齐雅勒（今兴和县境内）地方建寺，作为会晤之所。明万历五年（1577）寺建成，明朝廷赐名仰华寺。8月，阿勒坦汗陪同索南嘉措前往新落成的仰华寺，举行盛大法会。阿勒坦汗敬封索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”之尊号（“达赖喇嘛”称号，即由此而来）；索南嘉措敬封阿勒坦汗“转千金法轮咱克喇瓦尔第彻辰汗”之号。明万历七年（1579）阿勒坦汗偕同达赖喇嘛的全权代表栋科尔满珠锡里胡图克图回到土默特。从此，黄教开始在蒙古右翼地区广泛传播。

阿勒坦汗为巩固其统治，于明嘉靖四十四年（1565）接受顺义王封号后，改称“大明金国”，设置职官体系；晚年还制定《阿勒坦汗法典》和税改办法。

明万历九年（1581）腊月十九日，阿勒坦汗逝世，其妻三娘子继承他未竟事业，率领子孙，维护蒙汉和睦相处40余年无兵戎之患，边鄙旷土皆得耕牧。