佛教传入内蒙古地区是在东汉时代中后期。呼和浩特市和林格尔县小板申村发现的东汉墓壁画中有“仙人骑白象”和“猞猁（舍利）”两幅题字壁画。白象是佛经中常现的吉祥物，喻为佛性；舍利是戒定慧所薰修，是佛之灵骨。释迦牟尼佛涅槃之后，化出许许多多舍利，分散在许多国家，为佛教徒供奉之宝。壁画显示，佛教传入内蒙古地区，即在东汉中后期（145～200年）。

两晋南北朝时期，鲜卑人与中原文化接触，北魏佛教兴旺。延兴元年（471年），孝文帝建都于平城（今大同），大力提倡佛教，建造寺院，对内蒙古西部地区佛教的兴旺颇有影响。《北史·艺术上》有一则佛僧游怀朔镇（今包头市固阳）的记载。有和尚来，是一件重要史实。《绥远通志稿》记载，内蒙古和林格尔县发掘出的僧人墓葬志为北魏太和九年(485年），清凉山（今五台山）福圣寺某沙门所撰，其师禅宗大德洪诚圹碣。1979年，在怀朔镇城址——固阳县白灵淖乡城库略村发现以莲花为题材的建筑物和精美的观音铜像，为北魏时期遗物，证明当时于此有寺院建筑。呼和浩特市托克托县（古云中城）出土的北魏鎏金佛像精美绝伦。以上发现均证实，佛教传至两晋南北朝时期，为内蒙古地区佛教平稳发展时期。

隋唐时期，由于执政者的大力弘扬，佛教在全国范围内得到全面的发展，内蒙古地区的佛教流传范围也在扩大，影响更为深入。唐天宝十四年（755年），唐玄宗诏沙门辩才为临坛教授，于朔方用加训导。土默特地区的汉传佛教，由北魏孝文帝太和九年（485年）、禅宗大德洪诚圹碣和唐开成四年（839年）开元寺沙门锡达多圹碣可知，在此已有活动，并且已传入巴彦淖尔地区。

宋（辽、金）元时代，内蒙古地区的佛教进入鼎盛时期，此时佛教传入内蒙古东北部地区。汉传佛教的传入始于契丹人，辽中华人民共和国成立前就有佛教活动。公元908年，耶律阿保机在龙化州（今敖汉旗境内）建开教寺。辽太祖七年（913年），南攻幽蓟，俘“获僧崇文等五十人归西楼（今巴林左旗辽上京），建天雄寺以居之”。至辽神册元年（916年），辽定国时，上京已有天雄、安国、圣尼、节义、崇孝、弘福、开龙、福先、弘法、宝程、开悟、开化、真寂、云门等14处寺院，佛事兴盛，僧俗云集。之后，辽中京（今宁城大明镇）也建有园宗寺、感圣寺、十六佛院、观音阁、崇德寺等9处寺院。赤峰地区现存几十个辽代石窟和上京南塔、北塔、中京大塔、小塔、半截塔、庆州释迦如来舍利塔，元宝山白塔，敖汉武安白塔、万寿白塔等9座大小不一而风格略同的辽塔，是规模宏大的佛舍古寺的遗存。辽明道元年（1032年）以后，佛教高僧跻身于宫廷，如鲜演，辽道宗封他为开龙寺讲主，授予“圆通悟理”称号，升迁崇禄大夫、检校太保，终成“名驰独步，震于京师”的一代高僧。通辽和敖汉地区佛教始于辽代，至元、明时代，佛教仍占有一席之地。喀喇沁旗、克什克腾地区的佛寺及其碑碣，表明辽、金、元代，佛教兴盛之极。中京（今宁城）地区大明城内外有辽、金、元代庙宇25处，以及丰州城（今呼和浩特赛罕区）辽代所建的万部华严经塔、大明寺遗址的存在，足见佛教在当时之辉煌。

元朝中华人民共和国成立前，成吉思汗制定了对宗教兼容并包的政策。“兼容并包”不等于各种宗教的地位和待遇完全相同，实际上根据当时政治需要有所侧重。成吉思汗时期，海云法师是唐代临济义祥法师所创临济宗支派的第十六世法座，人称临济中兴名臣，著名政治家刘秉忠是他的弟子。蒙古汗国太宗朝廷内为相的政治家、文学家耶律楚材是万松的嗣法弟子，俗号湛然居士，法号从源，在政治活动中长期以佛治心，以儒治国。海云法师一生与蒙古汗室关系密切。蒙古汗室给予他“告天人”、“寂照英悟大师”和“光天镇国士”的恩赐与礼遇，使中原佛教得到蒙古汗室的重视和法律保护，命他“领天下僧事”。忽必烈等人奉其为“天下禅宗之首”。金代极有盛名的禅宗曹洞宗弟子雪庭福裕（1203～1275年），曾受贵由汗之命，居漠北和林兴国寺，蒙哥汗在和林大兴佛寺，以福裕主之。忽必烈继位后，福裕的地位更加显赫，“命总教门事”。13世纪上半期，汉地佛教中临济宗和曹洞宗势力最盛。

明朝建文元年（1399年），“靖难之役”后，朱棣将大宁城的百姓全部南迁，大宁城废弃，佛教也随之衰落。

清朝和民国时期，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站域内的佛教发展不平衡，总的发展呈逐渐衰败的趋势。巴彦淖尔地区，佛教活动兴盛，建寺院10余处，教徒5 000余人。赤峰地区汉传佛教也再次传入，广泛流传，建佛寺200余座。但寺庙建筑规模小，并多分布在市区南部（原卓索图盟）。此次佛教的传入，与汉民族的迁入和当地开垦时间是一致的。所以，该地区的汉传佛教应该是清初随着汉族进入，由民间渠道传人的。与此同时，喇嘛教兴起，逐渐抑制了汉传佛教的发展，不少寺院改成喇嘛寺庙。内蒙古中西部沦陷时期经济衰退，人民生活贫困，寺庙失修，佛教逐渐衰败。寺院出现儒、释、道三教共处现象。呼和浩特、包头、巴彦淖尔、乌兰察布等地区，佛教都出现衰败现象，佛寺道观不分，寺中居道士，观中居僧人或佛道共处。阿拉善盟境内，佛教传入较晚，汉民族迁入定远营后，建立了十八罗汉堂。民国19年（1930年）以后，逐步形成请和尚念经、驱魂的风气。呼伦贝尔建城后，最初来自河北、山西、山东等地的工匠、旅蒙商等，在其经营的店铺、作坊内供奉起菩萨。民国29年（1940年），通辽和敷汉地区有佛寺20座，常住僧29人，民间信徒9 919人。民国36 年（1947年），土地改革时一些寺院被拆毁。1949年至“文化大革命”，内蒙古境内各地残存的寺庙多被拆毁，僧尼大多数还俗。1979年以后，落实中共的宗教政策，内蒙古各地僧尼复出，争相恢复或重建寺院，佛教信众与日俱增，正常佛事活动开展活跃，佛教呈现出中兴局面。