1912年以后，袁世凯为巩固政权，防止内蒙古跟闹独立运动的外蒙古联合，便对蒙古上层和内蒙古的藏传佛教给予优惠政策。他以中华民国大总统的名义，发布优待蒙古王公及喇嘛教的条例。内蒙古的教主第十九世章嘉呼图克图，被迎到北京，封为大国师，加“弘济光明昭因禅化”的名号，还破格授给一颗88两重的金印。把内蒙古各寺庙有名号的喇嘛都登记起来，封240余名呼图克图，把原来的旧印收回，换成新印。把喇嘛职位分为“官缺”和“非官缺”两类。官缺喇嘛由袁世凯直接任命，非官缺喇嘛由所在旗扎萨克任命。还对有50间房屋以上的大喇嘛召庙，赐给大总统印鉴的匾额。伊克昭盟（今鄂尔多斯市）的一些召庙，就是这个时期由袁世凯赐名的。如扎萨克旗的扎萨克召，于民国2年由袁世凯赐名为纳忍尼给古勒圪齐庙。该旗旗庙于民国2年由袁世凯赐名为胡纪齐古勒尔古勒圪齐庙等。呼毕勒罕的掣签制由蒙藏院在雍和宫的金本巴瓶中抽定。按清代旧制，让有名号的呼图克图喇嘛每年按班次进京奉经。规定蒙古王公及官职喇嘛的进京旅费由民国政府发给。还规定各级喇嘛的口粮，均由袁世凯政府定出标准，按月拨给。

1927年，蒋介石在南京成立国民政府后，内蒙古的藏传佛教教首章嘉呼图克图派遣使者，到南京去觐见蒋介石。蒋介石承袭袁世凯地对蒙政策，于1930年发布《蒙古盟、部、旗组织法》。该法规定：蒙古各盟、部、旗之管辖治理权依旧；内蒙古藏传佛教教首章嘉活佛被安排为蒙藏委员会委员。还在北京设立“喇嘛事务所”，专门掌管寺庙喇嘛的度牒、印信、册籍、封叙、钱粮费用和外遣调补等事宜。1931年，国民党政府公布蒙古喇嘛寺庙监督条例，其中特别强调：寺庙之首席喇嘛为主持喇嘛，以其现有之职衔主持该寺庙；蒙古各旗之喇嘛寺庙主持者，由所辖盟、旗官署任命之，并呈报蒙藏委员会；蒙古各旗外之喇嘛寺庙者，由蒙藏委员会任命之；有50以上之喇嘛寺庙，设管理委员会，辅佐主持事务；各寺庙主持者办理事务；各寺庙主持者制定喇嘛名簿，关于喇嘛之还俗、圆寂、转生等，需明确登记，呈报监督官署；寺庙之一切财产用具详细记明其增减，呈报监督机关，且不经许可不得动用。1932年，国民党政府对章嘉呼图克图发出指令：“章嘉呼图克图宣扬黄教，翌堪共和，声望夙孚，屡膺殊锡……忠诚奋励，振导宗风，询堪喜尚，兹加‘净觉辅教’四字名号，以示优异。”

藏传佛教在伊克昭盟的传播，就是在上述的政治气候中逐步发展起来的。王爱召作为内蒙古西部地区及伊克昭盟的发展基地，分为两路向伊克昭盟纵深腹地延伸。东路发展为准格尔召，西路发展为杭锦旗的石拉召。王爱召是明朝万历三十五年（1607）开始由博硕克图济农主持建筑的。到万历四十一年（1613）基本建成。次年，由迈达尔呼图克图为伊克昭盟的第一座三世佛庙伊克召主持开光仪式。明朝天启三年（1623），鄂尔多斯左翼首领明盖岱青和敦若布洪台吉在伊克昭盟乌力吉图山主持建筑今准格尔召。当时名字叫密宝寺。后清廷赐名为宝堂寺。1624年，博硕克图济农的三子图瓦洪台吉赴西藏，为其父向拉萨的三大寺庙的所有僧众布施，并朝觐达赖喇嘛。将博硕克图济农授为岱宗洪台吉称号。天启六年（1626）五月，图瓦洪台吉请回博硕克图济农生前许愿的银汁书写的《丹珠尔》经。7月，请来迈达尔诺门汗开光。

清末民初，伊克昭盟共有召庙319座，有各级喇嘛12780名；1949年时，仍有召庙231座，有各级喇嘛12948名； 1966年时，保存召庙204座，喇嘛1916名。1989年，全盟仍有召庙21座。其中宗教活动点18座，有喇嘛573名。