明朝嘉靖年间（16世纪中叶），阿勒坦汗征服瓦刺部，完成鞑靼部的统一，成了蒙古各部的首领。阿勒坦汗的孙子巴汗那吉率部向明朝投降，阿勒坦汗只好同明朝讲和。明朝封阿勒坦汗为顺义王。阿勒坦汗厌倦东征西讨的戎马生涯，便把征战精神转到佛事上，于是对喇嘛教愈加虔诚。在这之前，他从西藏邀请两位得道喇嘛，在近百名各级喇嘛的陪同下来到蒙古，让他们在蒙古各部大力传播喇嘛教。并于明隆庆四年（1570）在今呼和浩特市修建喇嘛庙。从此以后，在整个蒙古游牧地区逐步形成修建召庙和迎接活佛的风气。

清顺治元年（1644），清王朝建立，曾称雄一时的蒙古各部是其扩张政治势力的重大障碍之一。清政府为变阻力为助力，便将蒙古人普遍崇奉的喇嘛教顺势加以大力提倡。清兵进蒙古草原后的第一件要事就是修建喇嘛寺庙。清政府的这种行动，使蒙古与清政府这两大政治势力之间的尖锐矛盾得到缓冲。不久，蒙古喇嘛教的首领哲布尊丹巴呼图克图率喀尔喀七旗的济农、台吉及其部属，归顺清政府。康熙皇帝给哲布尊丹巴以特别的礼遇，加封为“敷教安众大喇嘛”，赐宝石、绸缎、金银等。同时，让章嘉呼图克图掌握内蒙古的黄教教权，并赐与“振兴黄教大慈大国师”印。藏传佛教在蒙古地区能够得以广泛传播，除藏传佛教自身的发展趋势外，还在于清政府把藏传佛教作为统治蒙古民族的重要政策。在蒙古族人民中推行藏传佛教，取得事半功倍的效果。

清政府对蒙古地区推行盟旗制度、建筑寺庙同时并进。蒙古王公们也努力于修建寺庙。那时候，建筑寺庙成为一种风气，甚至互相比赛，看谁建的庙多，看谁建的庙宏伟。这标志着信徒对藏传佛教的虔诚，并与希望超脱“轮回”的痛苦直接联系在一起。加之清朝皇帝实行优待喇嘛与奖励喇嘛的政策，喇嘛不当兵、不纳税，因而饱受封建压迫与剥削的蒙古族人民都千方百计地去当喇嘛，使喇嘛的数字基本上达到蒙古族男子总数的一半以上。

此后，渐渐形成了：有两个儿子的蒙古人，必须有一个儿子去当喇嘛；有三个儿子的蒙古人，必须有两个儿子去当喇嘛；甚至只有一个儿子的蒙古人，也让儿子去当喇嘛的风气。

清政府在优待喇嘛的同时，却在藏传佛教的一些关键性问题上严格控制。如制定呼图克图转生的掣签制。呼图克图如果在西藏转生，掣签事宜则由清政府派往西藏的办事大臣主持；呼图克图如果在北京转生，掣签事宜则在清廷的示意与监视下，让驻京的章嘉出面办理。根据清政府的意图而掣签“转生”的教首呼图克图，当然无法摆脱清廷的控制和操纵。因而在处理政、教重大问题时，也就不会逆着清廷的意思去办理。

清廷制定喇嘛朝贡制度，把喇嘛分为西藏喇嘛、西番喇嘛、游牧喇嘛和驻京喇嘛四部分，通过达赖、班禅、哲布尊丹巴、章嘉等分别统治各部喇嘛。并将各部在京的掌教喇嘛和从北京派往各部办理事务的喇嘛，每经3年，全部更换一次，以防止这些掌权喇嘛进行背叛清朝皇帝的活动。并对上级喇嘛采取拉拢的办法，封他们为“国师”“禅师”之类的尊号，有的还赐给“扎萨克印”，授给管理僧众的权力，给他们官职，发给他们“俸银”，使他们忠实于清廷。此后还专设喇嘛印务处，规定喇嘛度牒制，对喇嘛进行调查统计，发布喇嘛禁令，限制下级喇嘛的活动。