清代是喇嘛教最兴盛时期，清康熙、雍正、乾隆、嘉庆执政时期，内蒙古喇嘛教寺庙和喇嘛人数发展到最高峰。清朝中期，内蒙古喇嘛教寺庙约有1800余座，喇嘛人数约有15万人左右。至清朝后期，政府对喇嘛的政策有了一定的改变，从原来的扶持发展改变为限制，使喇嘛教的势力逐步趋于削弱。到了清朝末期，由于清朝政府摇摇欲坠，无力扶持喇嘛教，遂使喇嘛教寺庙和喇嘛人数逐年减少。清光绪年间，寺庙约有1600余座。

清宣统三年（1911），清朝统治被推翻，内蒙古地区的喇嘛教势力进一步削弱。这一时期内蒙古地区基本停止兴建寺庙，喇嘛人数大量减少。民国25年（1936）6月，伪满洲国政府蒙政部和民国27年（1938）4月伪蒙疆政府调查的寺庙数字如下：

一、呼和浩特市

呼和浩特地区是清朝时期喇嘛教在内蒙古西部地区发展的中心，以具有七大召、八小召、七十二个无名召而闻名于世。在明朝末年和清朝年间，建立寺庙约45座。另外，在土默特旗两翼旗境内建立60余座，共计100余座寺庙。现正式登记的藏传佛教寺庙有4座。

二、包头市

包头市曾经有寺庙58座。现正式登记的有6座。

三、呼伦贝尔市

呼伦贝尔市曾有寺庙42座。其中新巴尔虎左旗19座，新巴尔右旗15座，陈巴尔虎旗4座，鄂温克旗4座。现正式登记的有9座。

四、兴安盟

全盟曾有寺庙49座。其中科尔沁右翼前旗15座，科尔沁右翼中旗12座，扎赉特旗22座。现正式登记的有5座。

五、通辽市

通辽市曾有寺庙217座。其中库伦旗35座，科尔沁左翼中旗89座，奈曼旗26座，鲁特旗44座，开鲁县12座，通辽市11座。现正式登记的有14座。

六、赤峰市

赤峰市曾有寺庙272座。其中翁牛特旗30座，巴林右旗27座，巴林左旗7座，阿鲁克尔沁旗24座，克什克腾旗14座，翁牛特旗33座，喀拉沁旗27座，宁城县77座，林西县4座，敖汉旗29座。现正式登记的有22座。

七、锡林郭勒盟

全盟有寺庙273座。其中苏尼特右旗27座，苏尼特左旗39座，阿巴嘎旗26座，锡林浩特市13座，乌珠穆沁右旗19座，乌珠穆沁左旗21座，太仆寺旗7座，镶黄旗26座，正镶白旗47座，正蓝旗32座，多伦淖尔（多伦县）16座。现正式登记的有22座。

另外，当时的阿拉善旗有寺庙24座。其中额济纳旗有寺庙13座。内蒙古地区当时有寺庙1299座

中华人民共和国成立以后，根据中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站有关部门调查的数字，内蒙古地区的寺庙有1422座。